Pirate Ship, o barco pirata de Tetra e seu bando de piratas, é um estágio retirado totalmente de The Legend of Zelda: Wind Waker. Com seu estilo cel-shaded, esse estágio contem vários obstáculos e elementos de seu jogo original, como o King of the Red Lions, atuando como uma plataforma adicional, canhões atirando bombas de torres de guarda no fundo, furacões que levam o barco para o ar e até ficar preso em uma ilha.
Tome cuidado com a catapulta, ela pode mandar um jogador para fora do estágio com facilidade caso o mesmo esteja descuidado.

Músicas tocadas neste estágio:
Dragon Roost Island
The Great Sea
Song of Storms
Tal Tal Heights
Gerudo Valley
Molgera Battle
Village of Blue Maiden
Termina Field

Estágio secreto, modos de abrir:
1- Abra Toon Link como personagem jogável.