Shadow Moses é um estágio murado, com duas grandes torres, uma de cada lado. Há uma grande plataforma superior, duas no meio e um chão plano. As torres podem ser destruídas, tanto a parte de cima quanto a parte de baixo, quando destruídas, o estágio se torna walk-off. Também há uma luz que procura jogadores, como no jogo original, ao encontrar alguém, é feito o barulho clássico e o ponto de exclamação acima do personagem.
Metal Gears Rex, Ray e Gekko eventualmente aparecem no fundo, mas sem interferir na batalha.

Músicas tocadas neste estágio:
Encounter
Theme of Tara
Battle in the Base
Yell "Dead Cell"
Cavern
MGS4 ~Theme of Love~ Smash Bros. Brawl Version
Snake Eater (Instrumental)
Calling to the Night
Theme of Solid Snake

Este estágio está disponível para se jogar desde o início do jogo.